Kościół został zbudowany przez zakon Cystersów w XIV wieku. Jest przykładem późnego średniowiecza - gotyku. Był kościołem ze sklepieniem gwieździstym z witrażowymi oknami zwieńczonymi maswerkami i z wyraźnie zaznaczonym prezbiterium. Zbudowany był z kamienia.
Zakon Cystersów, mający swoją siedzibę w Kołbaczu, w 1274 roku kupił ziemie Klęskowa od rycerza Jakuba von Staffldes. Cystersi byli właścicielami tych ziem do połowy XVI wieku, do sekularyzacji. Dobra po zakonie przejęli książęta zachodniopomorscy. W tym czasie zmienia się los kościoła. W XVI wieku, pod wpływem reformacji, kościół przejęli protestanci i jako taki przetrwał do końca II wojny światowej. 
W roku 1697 dobudowano do kościoła wieżę. 
W roku 1937 kościół został odnowiony przez konserwatora Hoffmanna. Odrestaurowane zostały sklepienia średniowieczne, freski oraz XVI wieczne motywy renesansowe. Kościół posiadał wspaniałe organy.
W roku 1945 w wyniku działań wojennych kościół uległ znacznemu zniszczeniu. Ze średniowiecza zostały jedynie fragmenty murów i okien.

Kościoła, który tutaj istniał, nie odbudowano od razu po zniszczeniach wojennych. Od 1945 do 1951 roku Klęskowo należało do parafii Szczecin - Dąbie. W 1951 roku powstała parafia Szczecin - Zdroje i od tego momentu do tej parafii należą mieszkańcy Klęskowa. Z czasem w Klęskowie powstaje punkt katechetyczny. Ks. Biskup Ordynariusz Jerzy Stroba wydaje rozporządzenie nakazujące odbudowę kościoła w Klęskowie. Jednocześnie obok kościoła powstaje barak w celu nauki religii i jako mieszkanie dla księdza. Pierwsza msza św., w odbudowanym kościele, została odprawiona 24.12.1978, przez ks. Szyngela. Dnia 25.01.1979 następuje uroczyste poświęcenie świątyni, dokonuje tego ks. Biskup Jan Gałecki.
Obok kościoła rośnie nowe osiedle. Wobec tego 26.08.1979 przyjeżdża ks. Tadeusz Jóźwiak, który ma zająć się organizowaniem parafii w Klęskowie. W roku 1980 dołącza drugi kapłan, ks. Wiesław Zglinnicki.
Parafia p.w. Stanisława Biskupa i Męczennika została utworzona dnia 8.03.1981 r. dekretem Biskupa diecezji szczecińsko - kamieńskiej.
W 1981 roku po raz pierwszy w nowej parafii I komunię św. przyjmuje 138 dzieci. Trwa też budowa zaplecza parafii, kolejnej salki i pomieszczenia na biuro parafialnej. Pod koniec czerwca przybywa do parafii ks. Andrzej Galant. Życie w parafii rozwija się w szerokim zakresie: msze św., chrzty, śluby, pogrzeby, nauki przedślubne, nauki przed chrztem, przygotowanie dorosłych do I komunii św., odwiedziny chorych, oaza młodzieży Ruchu Światło - Życie. 27.06.1982 roku mszę św. prymicyjną odprawia ks. Sławomir Pitek TChr. , który zostaje później przydzielony do parafii. Jako trzeci przybywa ks. Marek Cieśla. Powstaje tez pierwszy Krąg Oazy Rodzin. Od września 1983 roku czynna jest parafialna biblioteka. Powstaje też oaza Dzieci Bożych.
W 1984 roku rozpoczyna się budowa domu parafialnego. Na osiedlu Słonecznym rozpoczyna się budowa kaplicy. W marcu parafia liczy ok. 14 tysięcy wiernych. W Uroczystość Bożego Ciała następuje podział parafii na Klęskowo i osiedle Słoneczne. Po podziale parafia liczy ok.. 650 osób. W tym roku odbywa się też pierwsza wizytacja w parafii Klęskowo. Przeprowadza ją ks. Biskup Stanisław Stefanek.
W 1985 roku nowym proboszczem parafii zostaje ks. Józef Dudziak TChr. 1987 rok - parafia liczy ok. 2,5 tysiąca wiernych. 1990 rok - prace wykończeniowe w nowym domu parafialnym. 12 - 19 października trwają misje przed nawiedzeniem obrazu MB Częstochowskiej. 19.10.1990 dzień nawiedzenia.
W 1991 roku proboszczem zostaje ks. Andrzej Galant TChr. Zostaje ukształtowany zespół Pastoralno - Katechetyczny.
W roku 1992 zostaje powstaje Stowarzyszenie Rodzin Katolickich. Odbywają się rekolekcje Diakonii Życia Ruchu Światło - Życie. Od 7 listopada rozpoczęto czuwania modlitewne w intencji ratowania życia nienarodzonych dzieci oraz o poszanowanie godności i świętości ludzkiego życia. W 1993 roku powstaje w parafii wspólnota neokatechumenalna.
21-22 maja 1994 - Diecezjalny Kongres Rodzin. Nasza parafia ma zadanie zorganizować jedno ze spotkań kongresowych, wieczór przy ognisku w Puszczy Bukowej.
15.12.1995 roku, decyzją Metropolity diecezji szczecińsko - kamieńskiej, parafię obejmują księża diecezjalni. Proboszczem zostaje ks. Andrzej Pastuszak.
W marcu 1996 roku została odprawiona uroczysta msza św. dziękczynna w 15 lecie istnienia parafii. Podczas wakacji zorganizowane zostały półkolonie letnie przez fundację "Nasz Kościół", przy współpracy SP 74, Rady Samorządowej, ZHR-u oraz naszej parafii. Rozpoczyna się też rozbudowa kościoła.
W 1998 roku z części naszej parafii zostaje wydzielona nowa parafia p.w. Chrystusa Dobrego Pasterza. Jej proboszczem zostaje ks. Andrzej Pastuszak. W naszej parafii jego obowiązki przejmuje ks. Józef Filipek. 1999 rok - trwają prace przy rozbudowie kościoła. W październiku odbył się turniej piłkarski zorganizowany przez ks. Grzegorza Gruszkę dla uczczenia 21 rocznicy pontyfikatu Jana Pawła II.
W lutym 2000 roku nawiedzenie obrazu Pana Jezusa Miłosiernego. Po całodobowym czuwaniu wiernych, procesyjnie przekazaliśmy obraz parafii p.w. Chrystusa Dobrego Pasterza.

Na podstawie opracowania Joanny Dynkowskiej i Ewy Filipek.